雖然企業(yè)已經(jīng)成為我國科技投入的主體，但還未真正成為技術(shù)創(chuàng)新的主體。截至2010年，全國大中型工業(yè)企業(yè)中，仍有71.7%的企業(yè)未開展研發(fā)活動，企業(yè)R&D經(jīng)費占主營業(yè)務(wù)收入的比重為0.93%，而歐美日發(fā)達國家已普遍達到2%以上。中共中央、國務(wù)院《關(guān)于深化科技體制改革加快國家創(chuàng)新體系建設(shè)的意見》提出，到2015年大中型工業(yè)企業(yè)的這一比例要達到1.5%，為此，“十二五”期間年均增幅必須達到0.11個百分點以上。但實際情況是“十一五”期間這一比例年均增幅僅為0.03個百分點，可見實現(xiàn)1.5%的發(fā)展目標，其任務(wù)是多么艱巨。
我國企業(yè)模仿創(chuàng)新居多，原始創(chuàng)新活動很少。例如，2011年我國6579億元企業(yè)R&D經(jīng)費支出中，科學(xué)研究（基礎(chǔ)研究和應(yīng)用研究）經(jīng)費為198億元，僅占3%，比“十一五”末期下降了5個百分點，而世界主要國家企業(yè)R&D支出中科學(xué)研究所占比重普遍在20%以上。與企業(yè)相比，我國政府科研機構(gòu)在原始創(chuàng)新、戰(zhàn)略高技術(shù)研發(fā)方面具有較強實力，但在社會公益類研究方面仍顯不足。此外，高等學(xué)校研究人員缺乏穩(wěn)定科研經(jīng)費支持，不能專心從事基礎(chǔ)研究工作；市場化運作的新型科技服務(wù)企業(yè)發(fā)展遲緩。總體看，建設(shè)一個高質(zhì)高效的國家創(chuàng)新體系還面臨諸多挑戰(zhàn)。
高技術(shù)產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟效益增長乏力，結(jié)構(gòu)性問題十分突出
高技術(shù)企業(yè)是調(diào)整產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)、提高國家競爭力的生力軍。10年來高技術(shù)企業(yè)的發(fā)展壯大有力推動了我國產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟轉(zhuǎn)型升級。2007年我國高技術(shù)產(chǎn)業(yè)增加值已超越日本，僅次于美國，居世界第2位。2010年我國高技術(shù)產(chǎn)業(yè)增加值占制造業(yè)的比重為13%，已與德國（12.8%）、法國（14%）及日本（15.4%）的水平相當。根據(jù)聯(lián)合國商品貿(mào)易統(tǒng)計數(shù)據(jù)，我國高技術(shù)產(chǎn)品出口額已經(jīng)占全球總額的20%，遙遙領(lǐng)先于美、德、日等國家而居世界首位。高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)已經(jīng)成為匯聚高新技術(shù)企業(yè)、促進區(qū)域經(jīng)濟發(fā)展的重要力量，高新區(qū)生產(chǎn)總值已占國內(nèi)生產(chǎn)總值的8%，具備了從產(chǎn)業(yè)聚集區(qū)向產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新區(qū)轉(zhuǎn)變的條件，北京中關(guān)村、上海張江、武漢東湖等國家自主創(chuàng)新示范區(qū)在提高自主創(chuàng)新能力、創(chuàng)新型國家建設(shè)進程中發(fā)揮重要作用。
盡管我國高技術(shù)產(chǎn)業(yè)規(guī)模已經(jīng)世界領(lǐng)先，但其創(chuàng)新能力弱、經(jīng)濟效益差以及“三資”企業(yè)比重高等結(jié)構(gòu)性特點一直未變，高技術(shù)企業(yè)集聚的高新區(qū)亟待從生產(chǎn)集群向創(chuàng)新集群轉(zhuǎn)變。2011年，我國高技術(shù)產(chǎn)業(yè)R&D強度（R&D經(jīng)費/工業(yè)總產(chǎn)值）為1.63%，與制造業(yè)平均水平相比并無明顯差距；發(fā)達國家這一比值已普遍在5%以上，均為制造業(yè)平均水平的3—4倍以上。我國高技術(shù)產(chǎn)業(yè)研發(fā)投入強度僅能滿足產(chǎn)業(yè)發(fā)展一般需求，自主創(chuàng)新能力不足導(dǎo)致高技術(shù)產(chǎn)業(yè)關(guān)鍵技術(shù)受制于人的狀況短期內(nèi)難以扭轉(zhuǎn)。
同時，我國高技術(shù)產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟效益狀況不容樂觀，產(chǎn)值利稅率、銷售利潤率、人均利稅、勞動生產(chǎn)率4項指標相繼在2002年、2003年、2006年和2010年低于制造業(yè)總體水平。我國高技術(shù)產(chǎn)業(yè)無論是在獲利能力、勞動效率還是稅收貢獻方面，都已經(jīng)落后于制造業(yè)平均水平。按總產(chǎn)值計算，高技術(shù)產(chǎn)業(yè)中“三資”企業(yè)所占比重大約為2/3，“三資”企業(yè)的產(chǎn)品出口占我國高技術(shù)產(chǎn)品出口總額的60%以上，造就了中國作為世界高技術(shù)產(chǎn)品制造工廠的地位，但產(chǎn)業(yè)核心技術(shù)、關(guān)鍵設(shè)備以及市場需求均在海外，從而受制于人。如何增強高技術(shù)企業(yè)自主創(chuàng)新能力，提升高技術(shù)產(chǎn)業(yè)技術(shù)水平和產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟效益，我國仍有很長的路要走。
提高科技創(chuàng)新能力的政策建議
優(yōu)化科技資源結(jié)構(gòu)。我國科技投入強度（R&D/GDP）正處于1%—2%之間的膠著增長階段，遠遠落后于發(fā)達國家，科技投入的累積效應(yīng)還沒有充分體現(xiàn)出來。政府必須繼續(xù)增加投入規(guī)模，引導(dǎo)企業(yè)投資于創(chuàng)新活動。在保證R&D/GDP穩(wěn)步提高的同時，更加關(guān)注資源投入的強度和結(jié)構(gòu)問題。應(yīng)著重加大對基礎(chǔ)研究和應(yīng)用研究的投入，增強科學(xué)研究在R&D投入中的比重，扭轉(zhuǎn)我國這一比重長期低于發(fā)達國家20個百分點的現(xiàn)狀，增強國家原始創(chuàng)新能力。