經貿審計科 負責對本級經貿部門及所屬的重點國有企業、國有資產占控股地位、主導地位企業的財務收支和效益進行審計；組織并參與對經貿系統開展行業審計、專項資金審計和專題審計調查；組織對內部審計的指導監督和管理。
農業與資源環保審計科 負責審計市級農業、林業、水利、環保、鄉鎮企業等部門及下屬單位的財務收支；負責審計由市政府主管部門管理和受市政府委托由社會團體管理的農林水利、扶貧開發、資源環境資金的籌集、管理、使用情況；負責審計縣區人民政府管理的農林水利、資源環保資金的籌集、管理、使用情況；依據授權對國際組織和外國政府貸款、授助和贈款項目的財務收支審計；開展專項審計和審計調查。 徐丹紅
固定資產投資審計科 負責對重點建設項目預算（概算）執行情況和竣工決算的審計監督；負責對市國有施工企業、房地產開發企業的資產、負債、損益的真實、合法和效益進行審計監督；負責審計市城建部門及其直屬單位的財務收支；開展專項審計和審計調查。 王代軍
內審中心 負責組織全市內部審計機構、人員貫徹落實和執行內部審計準則、工作規則、職業道德規范和其他內部審計業務規章制度，并監督檢查實施情況；對內部審計工作進行調查研究，制定全市內部審計工作規劃和措施，并組織落實；組織內部審計人員業務培訓、資格證書的申報和發證，組織內部審計人員參加CIA考試；制定內部審計計劃，填報統計表，負責內部審計業務咨詢、宣傳等
審計處辦公室 負責審計處理政務事務工作，督促檢查審計處工作制度的落實；負責編制審計處審計工作計劃，審計報表、匯制審計成果；負責草擬、修改重要文件，辦理審計處日常政務和信訪接待；管理文檔資料和文件的收發、傳遞以及本處印鑒的管理使用和保密工作；負責人事、勞資、干部考核、干部培訓以及安全、保衛后勤服務管理工作。
審計處一科 依據省審計廳授權對中、省駐商的工商行政管理、技術監督、療養院、商洛師專、征稽系統等行政事業單位財務收支進行審計；開展專項審計和審計調查。
審計處二科 依據省審計廳授權對中、省駐商的公路系統、藥材系統、新洛磚廠、農電、新華書店系統等企業財務收支和效益進行審計；開展專項審計和審計調查。