事實上“東突”分裂組織已經逐步成為“東突”恐怖組織，不但得到了臭名昭著的拉登領導的“基地組織”的大力支持，同時也是拉登恐怖勢力的重要組成部分。早在數年前，“東突”恐怖組織就得到了拉登在經費、物資上的大力支持。1999年初，拉登會見了“東突厥斯坦伊斯蘭運動”頭目艾山·買合蘇木，在許諾提供資金援助的同時，要求其“一切行動與塔利班協調”。2001年2月，拉登及塔利班高層人士在坎大哈與“東突”分裂組織達成協議，幫助其訓練骨干成員，并承諾負擔2001年的活動經費。此外塔利班、“基地組織”和“烏茲別克斯坦伊斯蘭解放運動”還向“東突”分裂組織提供了大量的武器彈藥、交通工具、通訊設備等。

　　據報道，曾先后有來自10個“東突”分裂組織的1000多名骨干分子在“基地”組織設在阿富汗坎大哈、馬扎里沙里夫、霍斯特、呼蘇提等地的恐怖主義訓練營中接受過諸如爆炸、暗殺、投毒等恐怖活動訓練。這些人受訓后有的被秘密派遣回中國境內發展恐怖組織，策劃從事恐怖活動，有的加入阿富汗塔利班和“基地”組織，有的則參與了俄羅斯車臣恐怖勢力的活動，還有的參加在中亞地區的恐怖活動。如1999年8月“東突”恐怖分子參與了在吉爾吉斯斯坦南部，劫持4名日本科學家和吉內務部隊高級軍官的恐怖事件；2000年兩名“東突”分裂組織成員在車臣戰爭中被俄羅斯軍隊俘虜，遣返中國；2000年8月又參與在烏茲別克斯坦、吉爾吉斯斯坦南部山區，襲擊當地政府軍的恐怖活動。

　　近年來在新疆發生的一系列爆炸暗殺恐怖事件，大多與這些組織有關。目前，中國警方已抓獲100多名曾在阿富汗及其它國家接受過恐怖活動訓練秘密潛入新疆的恐怖分子。有關國家也向中方引渡、移交了10多名在恐怖活動中被抓獲的“東突”恐怖分子。

　　2001年“9·11”恐怖事件后，恐怖組織成為過街老鼠人人喊打，“東突”恐怖組織不得不表示對美國軍事打擊的支持，并努力拉大與拉登恐怖組織的距離，千方百計抹掉自己的恐怖主義色彩，要求其成員暫時不要發表過激言論，避免所在國將其與恐怖組織聯系在一起。在南亞的恐怖組織則抓緊進行戰略轉移，組織其在阿富汗的成員向周邊的南亞、中亞或中東地區轉移，以保存實力。同時“東突”恐怖組織再一次扯起所謂維護“人權”、“宗教自由”和“少數民族利益”的大旗，編造所謂“中國政府借機打擊少數民族”的謊言，混淆視聽，以逃脫國際反恐怖主義的打擊。

　　“東突”累累罪行

　　90年代是新疆“東突”分裂組織發展最為迅速、活動最為猖獗的時期，截止到目前在境內外的“東突”組織有50余個。主要有：“東突厥斯坦星火黨”、“東突厥斯坦青年黨”、“東突厥斯坦燎原黨”、“東突厥斯坦獨立組織”、“東突厥斯坦人民革命黨”、“東突厥斯坦民族解放組織”、“東突厥斯坦中央執行委員會”、“天山民主聯盟”、“天山民族拯救者黨”、“星火黨”、“星火聯盟”、“新疆伊斯蘭天山黨”、“探索”及“獨立黨”等。

　　而且境內外“東突”分裂分子已聯成一體，“境外指揮，境內行動；境外培訓，境內破壞”。近年來，在極端主義、分裂主義和國際恐怖主義的影響下，暴力思想已逐步在“東突”組織內部占據上風，分裂活動轉向以恐怖暴力為主要手段。一些“東突”分裂組織公開宣揚要通過恐怖暴力手段達到目的。在查獲的“東突伊斯蘭黨”、“東突反對黨”等組織的綱領中明確提出，要“走武裝斗爭道路”、“在人口集中的地區制造各種恐怖活動”。因此“東突”組織在新疆的恐怖活動逐步升級，爆炸、暗殺、綁架等恐怖活動不斷出現，以極端殘忍手段濫殺無辜，制造恐怖氣氛。2002年1月21日，中國國務院新聞辦公室發表了《“東突”恐怖勢力難脫罪責》的長篇文章，徹底揭露了“東突”的罪行。據不完全統計，自1990年至2001年，境內外“東突”恐怖勢力在中國新疆境內制造了至少200余起恐怖暴力事件，造成162人喪生，440多人受傷的嚴重后果，留下了一筆筆罪惡的記錄。