如此重大決定不可能完全保密。周一下午，白宮宣布總統(tǒng)將在晚上7點(diǎn)就“國家最高緊急事態(tài)”發(fā)表全國講話，這時(shí)華盛頓已經(jīng)籠罩在緊張氣氛中，很多人都預(yù)感出大事了。肯尼迪派特使向主要盟國領(lǐng)導(dǎo)人說明情況，并一一打電話通知前任總統(tǒng)胡佛、杜魯門和艾森豪威爾，以及國會(huì)領(lǐng)導(dǎo)人。然后他回到橢圓形辦公室，向全世界宣布美國將封鎖古巴，并檢查所有企圖通過封鎖線的任何國家的艦船。
肯尼迪最終選擇封鎖的首要原因是對引發(fā)核戰(zhàn)爭的恐懼，他的軍事顧問們也不能確保，美軍發(fā)動(dòng)一次空中打擊就能摧毀所有已經(jīng)部署在古巴的導(dǎo)彈，而且還會(huì)損害歐洲盟友的支持。封鎖畢竟靈活一些，不行還可以隨時(shí)升級，他就是這樣告訴反對封鎖的強(qiáng)硬派的。
10月22日，星期一晚上，肯尼迪以低沉的聲調(diào)問候說，“晚上好，我的同胞們”，然后就告訴他們面臨的危險(xiǎn)和政府的決定。肯尼迪呼吁克林姆林宮里的對手赫魯曉夫，立即“停止并取消這種秘密的、魯莽的、挑釁性的行為”，“把世界從毀滅的深淵中挽救回來”。肯尼迪宣布，美軍對一切正在駛往古巴的船只實(shí)行嚴(yán)格的海上隔離，從周三早上開始生效。肯尼迪警告說，他將“把任何一枚從古巴發(fā)射的、針對西半球任何一個(gè)國家的核彈都看作是蘇聯(lián)對美國的攻擊，并將對蘇聯(lián)進(jìn)行全面的報(bào)復(fù)。”
第二天，美國、蘇聯(lián)和古巴都進(jìn)入高度戒備。美軍180艘戰(zhàn)艦在加勒比海巡弋，裝有核彈頭的B-52型戰(zhàn)略轟炸機(jī)24小時(shí)在空中巡邏，三軍指揮系統(tǒng)和海空軍都進(jìn)入戰(zhàn)備狀態(tài)。直接參加封鎖的包括針對蘇聯(lián)潛艇的反潛航空母艦等90艘軍艦，它們在68個(gè)空軍中隊(duì)和八艘航空母艦的護(hù)衛(wèi)下進(jìn)入指定地區(qū)，準(zhǔn)備攔截任何進(jìn)入封鎖區(qū)的蘇聯(lián)艦只。蘇聯(lián)和古巴則加快了基地建設(shè)和裝配已經(jīng)運(yùn)到的導(dǎo)彈。聯(lián)合國安理會(huì)召開緊急會(huì)議，美國的封鎖計(jì)劃獲得美洲國家組織(OAS)的一致支持，北約盟國也迅速達(dá)成共識。核大戰(zhàn)真有一觸即發(fā)之勢。
在莫斯科，連夜召開了中央委員會(huì)主席團(tuán)緊急會(huì)議，以便確定肯尼迪的真實(shí)意圖。赫魯曉夫沒能得出結(jié)論，只是以個(gè)人名義給肯尼迪寫了一封信，要求放棄封鎖，否則會(huì)帶來“災(zāi)難性的后果”。但他在行動(dòng)上謹(jǐn)慎小心，沒有在柏林實(shí)施報(bào)復(fù)，并命令兩艘運(yùn)送中程導(dǎo)彈的船只在封鎖線前停下來，另一艘則在封鎖令生效前可以繼續(xù)前行。
作為對赫魯曉夫的回應(yīng)，肯尼迪派弟弟羅伯特·肯尼迪于周二晚上前往蘇聯(lián)使館會(huì)見多勃雷寧，轉(zhuǎn)達(dá)總統(tǒng)因?yàn)槭艿?ldquo;蓄意的欺騙”而無比憤怒，雙方進(jìn)行了激烈的爭論，未能達(dá)成任何妥協(xié)。
隨著海上封鎖于周三上午10點(diǎn)開始生效，美蘇到了劍拔弩張的階段。為了謹(jǐn)慎從事，美海軍精心挑選了一艘蘇聯(lián)包租的非社會(huì)主義國家的貨船加以攔截和檢查，以便嚇唬住蘇聯(lián)又不引發(fā)直接沖突。
肯尼迪焦慮的等待情報(bào)部門有關(guān)第一次攔截的消息，同時(shí)準(zhǔn)備批準(zhǔn)海軍使用深水炸彈迫使蘇聯(lián)潛艇浮出水面。據(jù)羅伯特·肯尼迪后來回憶說：“這幾分鐘對于總統(tǒng)來說是最憂慮的時(shí)刻。他一會(huì)兒把一只手伸到臉上，捂住自己的嘴；一會(huì)兒緊緊地握著拳頭。他的眼睛里充滿了緊張的神情，幾乎到了憂郁的程度。”然后到來的報(bào)告是，蘇聯(lián)船只已經(jīng)停止不前或調(diào)轉(zhuǎn)航向。
周四，聯(lián)合國安理會(huì)成為較量的中心。美國代表史蒂文森堅(jiān)持要求蘇聯(lián)代表回答“一個(gè)簡單的問題”：莫斯科是不是在古巴部署了中程和中遠(yuǎn)程彈道導(dǎo)彈？“是，還是不是？”這位美國大使咄咄逼人地追問，“不要等什么翻譯了，到底是還是不是？”蘇聯(lián)駐聯(lián)合國大使佐林則摘下耳機(jī)大聲抗議并拒絕回答。史蒂文森展示了U-2偵察機(jī)拍攝到的導(dǎo)彈基地的放大圖像，這顯然有助于消除各國對美國動(dòng)機(jī)的懷疑。